Bermula dari Persekutuan Doa yang berlangsung setiap hari Kamis petang di rumah Keluarga Bp. Christian Issakh di Jelambar Raya pada sekitar tahun 1972, dengan maksud untuk memberi kesempatan kepada anggota Jemaat GKI Nurdin yang tinggal di wilayah Jelambar dalam kerinduannya bersekutu di GKI Nurdin, Grogol. Hal ini dilakukan berkaitan dengan kesulitan dalam hal transportasi pada waktu itu. Persekutuan Doa ini mendapkan tanggapan yang baik, terdapat delapan orang anggota jemaat yang berkumpul secara tetap dan rutin dalam Persekutuan Doa wilayah ini.
Setelah berlangsung selama empat tahun sampai tahun 1976, muncullah pemikiran untuk mengembangkan Persekutuan Doa tersebut menjadi Pos Pekabaran Injil wilayah Jelambar, dengan harapan agar dapat bersaksi keluar kepada masyarakat sekitar dengan lebih baik dan memperkenalkan Kristus kepada lebih banyak orang.
Dalam Anugerah Tuhan, pada hari Minggu tanggal 7 November 1976 dilakukan kebaktian untuk pertama kalinya pada Pos Pekabaran Injil ini. Kebaktian tersebut dipimpin oleh Pdt. Johanes Loing dan dihadiri oleh 35 jemaat. Penyertaan Tuhan atas Pos Pekabaran Injil ini sungguh nyata dengan lahirnya Kebaktian Anak dan Katekisasi diluar Persekutuan Doa tetap setiap Kamis petang.
Dengan kesadaran bahwa kegiatan-kegiatan yang berlangsung masih menumpang di rumah keluarga Bp. Christian Issakh, maka Majelis Jemaat GKI Nurdin beserta para aktivis merencanakan untuk mewujudkan suatu tempat ibadah yang tetap bagi dua Pos Pekabaran Injil GKI Nurdin yaitu Pos Pekabaran Injil Jelambar dan Pos Pekabaran Injil Kavling Polri. Langkah pertama kemudian ditetapkan dengan membeli sebidang tanah di Kavling Polri Blok A. Namun Tuhan berkehendak beda dan tak terselami jalanNya, masyarakat setempat berkeberatan dengan keberadaan tempat ibadah di lokasi tersebut. Seolah kerja keras Majelis Jemaat dan aktivisnya sirna begitu saja dengan adanya keberatan masyarakat tersebut, namun Tuhan memililki rencana yang lebih luas.
Pada tahun 1978, status Pos Pekabaran Injil Jelambar telah berubah menjadi Bakal Jemaat dengan pengunjung tetap sekitar 80 jemaat. Dalam Anugerah Tuhan dan kebaikan hati keluarga, kebaktian terus diadakan di rumah keluarga Bp. Christian Issakh sampai bulan Mei 1982.
Sepuluh tahun sudah berlalu dan rumah tersebut akan dipugar, maka oleh kebaikan hati anggota jemaat yang lain mempersilahkan sebuah tempat untuk dipakai beribadah di Jelambar Jaya 7 sebuah ruangan yang awalnya akan dipakai sebagai toko. Hanya tujuh bulan menempati ruangan sementara tersebut, dan rencana pemilik untuk menjual toko tersebut, maka Majelis Jemaat beserta para aktivis berusaha segenap tenaga untuk menjual sebidang tanah yang terletak di Kavling Polri Blok A tersebut. Tuhan pun menunjukkan jalannya, pada bulan Desember 1982, sebuah rumah di Komplek Pakuwon berhasil dibeli.
Jemaat amat bersyukur memiliki tempat yang tetap untuk beribadah di Pakuwon. Dari pengalaman yang selalu menumpang dan berpindah tempat, sekarang merasakan memiliki tempat ibadah yang tetap. Namun pekerjaan Tuhan terus berlangsung pada tanggal 23 Februari 1985, GKI Pakuwon menerima berkat Tuhan dalam peresmian dan peneguhan sebagai jemaat penuh yang ke-54 di lingkungan GKI Jabar, kebaktian peresmian dan peneguhan dipimpin oleh Pdt. Jonathan Subianto.
Saat ini, GKI Pakuwon memiliki lebih dari 400 jemaat yang tercatat dengan jumlah rata-rata kehadiran sebanyak 245 jemaat setiap minggunya. GKI Pakuwon saat ini memiliki lima badan pelayanan, yang terdiri dari:
* Komisi Anak dengan rata-rata kehadiran 62 anak
* Komisi Remaja dengan rata-rata kehadiran 29 remaja
* Komisi Pemuda dengan rata-rata kehadiran 20 pemuda
* Komisi Dewasa dengan rata-rata kehadiran 3B orang, dan
* Komisi Usia Indah/Lansia dengan rata-rata kehadiran 37 orang.
Diluar kegiatan diatas, GKI Pakuwon juga memiliki kegiatan pembinaan lain seperti Doa Pagi, Kelompok Tumbuh Bersama dan berbagai kegiatan Kesaksian Pelayanan seperti Pengobatan Gratis, Donor Darah, Pembagian Sembako, dan lainnya.